Озеро Чунозеро входит в водосборный бассейн оз. Имандра. Сравнительно глубокое, берега каменистые, торфяных болотных участков очень мало. Это озеро расположено у подножья Нявка-тундры, являющейся продолжением Чуна-тундры. Чунозеро – самое большое озеро Лапландского заповедника, его озерно-речная система занимает около 20 % площади заповедника. Оно расположено вдоль его южной границы и целиком находится на его территории. Абсолютная высота –128,1 м, площадь зеркала – 20,8 км², площадь водосбора – 570.8 км², длина – 20,3 км, ширина почти на всем протяжении – 1 км, наибольшая ширина напротив центральной усадьбы заповедника достигает 2.6 км, а в самом узком месте, между мысами Кусс-нярк на северном берегу и Вуйтемь-нярк на южном всего 500 м. В западную часть озера впадает река Верх. Чуна, а из восточной вытекает Ниж. Чуна. Всего в Чунозеро впадает 17 рек и ручьев, текущих, главным образом, с Чуна-тундры. Уровень озера более чем на метр выше уровня Имандры, он незначительно колеблется по сезонам, так как регулируется стоком порожистой реки Ниж. Чуна, впадающей в Воче-ламбину оз. Имандра.

С севера к озеру вплотную подходит горный массив Чуна-тундры и сопредельный с ним обширный лесной массив – Чунский суземок. Весь южный берег окружен невысокими вараками. Вдоль всего северного берега тянется хорошо выраженный береговой вал, сложенный из камней, а сверху поросший травянистой древесной растительностью. Песчаных берегов почти нет, кроме мыса Кусс-нярк и Малого песчаного наволока. Берега местами отмелые, а иногда дно круто обрывается вниз от самого берега. Достигнув значительной глубины, дно становится плоским и отлого спускается к максимальным глубинам. Местами имеются "корги", поднимающиеся с глубины почти до самой поверхности. У самых берегов дно каменистое, а, начиная с глубины 1.5-2.0 м, появляется ил.

Тип берегов, окруженный вараками, несколько другой. Береговые валы местами выражены хорошо, но песчаных участков гораздо больше. Они тянутся вдоль всего берега, прерываясь россыпями камней. Там, где имеются болота, торфяники обрываются прямо в озеро. Дно иногда сложено из больших каменистых глыб. По рельефу дна озеро делится на три части.

Восточная часть озера имеет длину около 10 км и является самой широкой его частью за счет губы Ель-лухт. Глубины постепенно увеличиваются с востока на запад. Вся восточная часть озера имеет глубину до 15 м. В губе Ель-лухт – 20 м. К западу озеро становится глубже, до 30 м. Затем начинается быстрое уменьшение глубины и через 2 км в районе Кусс-нярка озеро достигает глубины 8 м. Отсюда начинается средняя часть озера длиной 12 км.

За мысом Кусс-нярк глубины начинают постепенно нарастать и у подножия хребта Сейднотлаг достигают 30 м. Дальше озеро становится еще глубже и под западным концом Чуна-тундры достигает максимальной глубины 36 м. Наибольшие глубины располагаются под северным берегом, и в этих местах дно резко уходит вниз без всяких признаков прибрежной отмели. После 30-метровых глубин дно озера резко повышается и переходит в мель Кошкчельм (Сухая Салма), тянущуюся поперек всего озера от южного берега до северного. У южного берега она начинается прямо от широкой полосы прибрежной отмели, имея ширину около 1 км. Постепенно сужаясь, мель идет наискось через озеро к северному берегу, возле которого имеет ширину не более 300 м. Глубина озера здесь около 1.5 м, причем на середине еще меньше – до 70 см. Дно песчаное и только на самом мелком месте галечное.

От этой мели начинается последняя, западная часть озера – "кут". Здесь глубины снова резко возрастают и под восточным устьем р. Чуны достигают 23 м. Дальше к западу озеро постепенно мелеет, и в самом конце его максимальные глубины не превышают 12 м.

В связи с таким распределением глубин озеро замерзает и вскрывается неравномерно: замерзает акватория озера вблизи р. Чуна (изба Кокоринская), вслед за ней весь "кут" до мели включительно, дальше "узкое место" (участок между мысами Кусс-нярк и Вуйтемь-нярк). Иногда оба эти участка замерзают одновременно. Следующей замерзает губа Ель-лухт и вся восточная часть озера до Нижней Чуны (в среднем – 9 ноября). Последней замерзает самая глубокая часть озера Сейд-лухт и участок от нее до мели. Вскрытие происходит в обратном порядке. Озеро вскрывается очень поздно, лед приходит в движение в среднем 1 июня, но в случае поздней весны (1941, 1968, 1969 и 1971 годы) оно очищается ото льда только во второй половине июня. Вода остается довольно холодной все лето, в теплые годы (1960, 1972) температура поверхностного слоя достигала 24°С, но чаще за все лето не поднимается выше 20°С.

Растительность Чунозера очень бедна. В губах, где имеется песчаное дно, встречаются заросли ежеголовки и водяного лютика. Реже встречаются рдесты, водяная сосенка, болотный хвощ и тростник. Заросли тростника, болотного хвоща и осоки имеются только в западном конце озера. Эти места служат нерестилищами для окуня и щуки. По мелководным местам озера распространен полушник.